Im April 1996 kommt das neue Modell, der Škoda Octavia, auf den Markt. Drei Jahre später folgt der Škoda Fabia. 2001 wird mit dem Škoda Superb eine neue Luxuslimousine der oberen Mittelklasse eingeführt. Es werden Fertigungswerke in Russland, China und Indien gebaut.
In Mladá Boleslav läuft das einmillionste Škoda Fahrzeug seit der Gründung des Gemeinschaftsunternehmens mit VW vom Band. Der Škoda Octavia wird auf dem Markt eingeführt. Die zweite Baureihe der Marke ebnet den Weg für den Erfolg des Unternehmens in späteren Jahren.
Erstmals produziert Škoda mehr als 400’000 Fahrzeuge pro Jahr, die in 70 Länder exportiert werden.
Škoda steigt in die Motorsportkategorie World Rally Car (WRC) ein. Bei der Frankfurter Automobilausstellung wird der komplett neue Škoda Fabia vorgestellt. Ein Jahr später wird er um den Fabia COMBI ergänzt.
Škoda gründet in Mladá Boleslav die erste von einem Unternehmen betriebene Hochschule in der Tschechischen Republik: Die Škoda AUTO Hochschule.
Der Škoda Octavia RS ist das bislang schnellste Serienfahrzeug der Marke. Unter dem traditionsreichen Namen Superb stellt Škoda ein neues Luxusmodell vor und knüpft damit an die historischen Oberklassen-Baureihen aus den Jahren 1934 bis 1949 an. Im indischen Aurangabad eröffnet Škoda sein erstes Werk ausserhalb Europas.
Der Fabia WRC feiert seine Premiere beim Genfer Auto-Salon.