Im Jahr 1987 geht das lang erwartete, völlig neue Modell, der Škoda FAVORIT, in Produktion. Im März 1991 geht das Unternehmen eine Partnerschaft mit Volkswagen ein. Selbst der Unternehmensname ist neu: Škoda, automobilová a.s. (Škoda Automobil-Aktiengesellschaft).
Die Produktion der FAVORIT Baureihe wird aufgenommen. Der Übergang zum modernen Konzept mit Frontmotor, Frontantrieb und kompakter Karosserie mit grosser Heckklappe gelingt in Rekordzeit. Die elegante Karosserie entwirft der italienische Designer Nuccio Bertone.
Der Škoda FAVORIT kommt auf den Markt und wird sowohl in der Tschechoslowakei als auch im Ausland zum Verkaufsschlager.
Nach der politischen Wende von 1989 sucht das Unternehmen nach einem starken ausländischen Partner, um ŠKODA auf der Grundlage marktwirtschaftlicher Bedingungen zu einem Unternehmen zu machen, das im internationalen Wettbewerb bestehen kann. Im Dezember 1990 entscheidet sich die Tschechische Republik für Volkswagen.
Škoda, automobilová a. s. nimmt den Betrieb auf und wird neben VW, Audi und Seat zur vierten Marke des Volkswagen Konzerns.
Es findet ein kontinuierlicher Prozess zur Verbesserung der Produktionsqualität statt; alle Škoda Fahrzeuge werden jetzt mit Zentraleinspritzung und geregeltem Katalysator ausgestattet.
Der Škoda FAVORIT wird nach mehr als einer Million produzierten Fahrzeugen durch den FELICIA ersetzt, der nach der Fusion mit VW das erste gemeinsam entwickelte Fahrzeug ist. Bis 2001 produziert das Unternehmen über 1,4 Millionen FELICIA Modelle.
In Mladá Boleslav wird der Grundstein für das Produktionswerk des zukünftigen neuen Mittelklassemodells Octavia gelegt.