Im Jahr 1936 ist der Autobauer auf Platz 1 der heimischen Automobilhersteller und erhält auch aus dem Ausland positive Reaktionen. Mit dem Herannahen des Zweiten Weltkrieges und dem Beginn der Besatzung konzentriert sich die Produktion auf den Bedarf Deutschlands. Gegen Ende des Krieges wird das Werk bei einem Bombenangriff getroffen.
Škoda erzielt bei der Rallye Monte Carlo mit dem POPULAR SPORT – später bekannt als «Monte Carlo» – den zweiten Platz. Der POPULAR gewinnt weitere Rallyes in Afrika, den Balkanstaaten und Uruguay. Die Fahrzeugpalette wird um das Mittelklassemodell ŠKODA FAVORIT erweitert.
Der Škoda POPULAR 995 wird eingeführt. Dieser «Škoda fürs Volk» (auf Tschechisch «Škoda pro lid») hat den Spitznamen «Liduška». Mit diesem Mädchennamen wird auf das Wort «lidový» («des Volkes») angespielt. Die Produktion von Zivilfahrzeugen wird mit dem Ausbruch des Zweiten Weltkrieges heruntergefahren. Der gesamte Konzern wird nun von der Reichswerke Hermann Göring AG kontrolliert.
Die Automobilindustrie wird auf Kriegsproduktion umgestellt. Neben Waffenteilen werden vor allem diverse Lieferwagen sowie Allradfahrzeuge und die schwere Zugmaschine RSO produziert.
Die ersten modernisierten Autos des Typs Škoda POPULAR rollen im stark zerstörten Werk in Mladá Boleslav vom Band. Die Wirtschaft des Landes wird vom sozialistischen Regime kontrolliert – im Frühjahr 1945 werden Grossunternehmen verstaatlicht, darunter die Škoda Werke in Pilsen und die ASAP in Mladá Boleslav.